בבית הספר מעלה התורה נלמדים לפחות אחת לשבוע שיעורים של פדגוגיה גמישה בכל הכיתות . בשיעורים אילו הבנות עוברות במוקדי למידה שונים. כל פעם קבוצה אחרת עם המורה, ובשלוש קבוצות נוספות הבנות לומדות עצמאית בנושאים הקשורים לנושא הנלמד, או בזוגות, או לבד, או כל הקבוצה יחד.
גיוון
הלימוד חוויתי ומשמעותי ומתייחס לסגנונות למידה שונים. הלמידה משלבת מחשב, מוזיקה, יצירה, משחק, יחד עם ספרי לימוד, חוברות ומחברות. הבנות מפתחות מיומנויות של לומד עצמאי יחד עם כישורים חברתיים. ישנה התייחסות לסגנונות למידה שונים ויש העצמה אישית. הבנות מקבלות תפקידים, לומדות לעבוד עם החברות מתוך שיתוף פעולה ודאגה לחברותיהן. הלימוד עשיר ומגוון והבנות גם לומדות וגם נהנות. בסיום נעשית רפלקציה בה ניתן לראות מה הבנות למדו, כמה נהנו ומה ניתן לשפר לפעמים הבאות.